پس از ارتحال امام خمینی، دومین جلسه فوق العاده مجلس خبرگان در چهاردهم خرداد برای انتخاب رهبر تشکیل شد. در این جلسه ابتدا شرط مرجعیت برای رهبری بررسی و اکثریت خبرگان شرط اجتهاد را کافی دانستند و سپس رهبری فردی به جای شورایی تصویب گردید. در فضای انتخاب مصداق، هاشمی رفسنجانی روایتی از پیشنهاد امام خمینی درباره آیت الله خامنه ای را بازگو کرد که توسط آیت الله موسوی اردبیلی نیز تایید شد و در نهایت آیت الله خامنه ای با ۶۰ رای از ۷۴ رای اعضا به عنوان رهبر موقت تا زمان همه پرسی قانون اساسی انتخاب شدند.
هاشمی رفسنجانی در ادامه تاکید کرد که آیت الله خامنه ای را صاحب نظر جدی در مسائل فقهی می داند و معتقد است ایشان می توانند با روش سنتی و کمک گرفتن از دیگران، نظر فقهی خود را در مسائل اجتماعی استنباط کنند. این جلسه با درخواست برای رای گیری نهایی و قیام موافقان به پایان رسید.
نهایتا مجلس خبرگان با ۶۰ رای موافق از ۷۴ رای، آیت الله خامنه ای را تا زمان همه پرسی و تصویب نهایی بازنگری قانون اساسی به عنوان رهبر جمهوری اسلامی ایران برگزید. پس از برگزاری همه پرسی بازنگری قانون اساسی در ششم مرداد و تایید آن توسط مردم، مجلس خبرگان در اجلاسیه فوق العاده دیگری این انتخاب را نهایی کرد.